Kauno IX forto muziejus įkurtas 1958 m. liepos mėn.16 d. Pirmoji ekspozicija buvo įrengta keturiose IX forto kamerose ir atidaryta lankymui 1959 m. gegužės 30 dieną. Ekspozicijai buvo naudota dokumentinė ir foto medžiaga gauta iš tuometinio partijos Istorijos Instituto ir Centrinio Archyvo. Eksponatai buvo negausūs.

Susikūrus moksliniam skyriui pradėta rinkti eksponatus iš asmenų dalyvavusių II-jame Pasauliniame kare, bei kalėjusių kalėjimuose ir koncentracijos stovyklose, apie Kauno tvirtovę ir I-jį pasaulinį karą, NKVD kalėjimą įkurtą IX forte 1940 metais. Holokausto tragedijai išryškinti sukaupti eksponatai apie Kauno Getą, jo gyventojų likimus ir lietuvius – žydų gelbėtojus, 1940-1953 ištremtų lietuvių į Sibirą ir Tolimuosius Rytus relikvijos, parsivežtos grįžtant į Tėvynę.

Šiuo metu muziejaus rinkinių skyrius saugo virš 73 tūkstančių eksponatų, iš kurių kasmet rengiamos parodos, bei atnaujinamos ekspozicijos, eksponatai naudojami edukaciniams užsiėmimams.

Muziejaus eksponatais galime moksleiviams atskleisti reikšmingus Lietuvai istorinius etapus, supažindinti juos su žymiais žmonėmis patriotiškai tarnavusiais Lietuvai. Eksponatai kaip gyvieji liudytojai, kurie patvirtina įvykių reikšmingumą bei svarbą.